ウェストビューの事件から1年後、兵器利用を目論む勢力から逃れてエディンバラに隠れ住むホワイトヴィジョンは、失われた感情とアイデンティティを取り戻すため、自身のプログラムに内蔵されたJ.A.R.V.I.S.やかつての宿敵ウルトロンなどのAI人格たちと仮想空間で対話を重ねていましたが、自身の首に懸賞金が懸けられたことで平穏な日々は終わりを告げ、自分の息子の生まれ変わりかもしれない謎の少年トーマス・シェパードと共に、自身の存在意義を懸けた危険な逃亡劇へと身を投じていくことになります。