家族を失い悲しむ少年ジェームズが、祖父ゼペットの作った意志を持つ魔法の木の人形ピノキオと出会い、友情を育むことから始まります。しかし、人間の存在を知ったピノキオは「自分もジェームズのような生身の人間になりたい」という歪んだ願望を抱くようになり、邪悪なクリケットの囁きにそそのかされ、本物の体を手に入れるために人間から一つずつパーツ(臓器や皮膚)を剥ぎ取るという、血なまぐさい暴走と惨殺の凶行へと突き動かされていきます。