舞台は1985年の凍てつく冬のホーキンス。実写本編では描かれなかった“空白の期間”に起こった、イレブン、マイク、ウィル、ダスティン、ルーカス、マックスたちの新たな戦いが描かれます。突如としてホーキンスに、胞子(ひょうし)を媒介にして繁殖し、宿主を利用して進化する「裏側の世界」の新たなモンスターが出現します。子どもたちは、新しくやってきた科学の先生の母親(ニッキーの母)のもとを訪ねて、その生物の恐るべき生態を知ることに。胞子は地球上のあらゆるものを「裏側の世界」の生物へと変貌させようとしており、彼らがこれを止めなければ、地球そのものが乗っ取られてしまうという未曾有の危機に立ち向かいます。