弐瓶勉の人気SFコミック『シドニアの騎士』を原作とするアニメシリーズの完結編にあたる劇場アニメーション作品。対話不能の異生物と激しい戦いを繰り広げてきた人類が、ついに命を賭した最終決戦に身を投じていく。TVアニメ第2期の監督を手がけた瀬下寛之が総監督を務め、「空挺ドラゴンズ」の吉平“Tady”直弘が監督を担当する。未知の生命体“奇居子(ガウナ)”によって太陽系が破壊されてから1000年。辛くも生き残った人類は、巨大な宇宙船シドニアの中で繁殖しながら宇宙を流浪していた。シドニアの最下層で育った谷風長道は、やがて人型戦闘兵器“衛人”のエースパイロットへと成長。100年ぶりに出現したガウナと幾度も激しい戦いを繰り広げ、ついにガウナの撃退に成功する