青山剛昌原作、小学生になってしまった探偵が難事件を解明していく人気アニメシリーズの劇場版第5弾。日本一の高さを誇るビルを巡って起こる連続殺人事件の謎に、おなじみ少年探偵のコナンが挑む。監督は「名探偵コナン 瞳の中の暗殺者」のこだま健嗣。
キャンプの帰りにコナンとそのクラスメイトは日本一の高さを誇る“ツインタワービル”に立ち寄る。たまたま居合わせた毛利小五郎ら一行と合流し、ビルのオーナー、そして関係者を紹介されるが、彼らは次々と何者かに殺害されてしまう。死体の脇にはなぜか割れたお猪口が残されていた。時を同じくして、新一の体を小さくした組織の人物たちもなぜかツインタワービルに集まっていた