謎の疫病により、男の人口が女の4分の1まで減少した江戸時代。女が労働を担い、男は子孫を残す宝として大切に育てられる男女逆転の世で、今なお武士道を追求する青年・水野祐之進(二宮和也)は、困窮する家を救い、幼馴染のお信(堀北真希)との身分違いの恋を振り切るため、大奥にあがることを決意する。そこは、徳川家の子孫繁栄のため、3000人の美しい男たちが、1人の女将軍の寵愛を求めて仕える男の園だった。嫉妬と陰謀渦巻く世界で、剣の腕と才覚で出世を遂げていく水野だったが、ある日、大奥の抜本的改革を目指す女傑、徳川吉宗(柴咲コウ)が、第八代将軍と大奥(2010)して迎えられ、その運命が大きく動き出す。