西暦3955年に起きたミュータント人類と猿類との戦争の結果、地球は消滅した。コーネリアスとジーラは、その直前に知人のマイロと共に(かつてテイラー達が「猿の惑星」へ来たときの)宇宙船を使用し地球消滅から脱出したが、地球爆破時の影響によって時空に変化が生じ、たどり着いたのは現代(1973年)の地球だった。人類はテイラー大佐が帰還したものとして、アメリカ沖に着水した宇宙船を岸辺へ回収したが、帰還した宇宙飛行士達が「猿」だったことに驚いたアメリカ政府は三匹をロサンゼルス動物園に移送し、動物学者のルイスとスティービーに検査を受けさせる。しかし、「動物」としての扱いに耐えかねたジーラが言葉を発してしまう。マイロは「人間が自分たちを警戒する」として対策を考えるが、隣の檻にいたゴリラに襲われ死んでしまう。報告を受けた大統領は科学顧問のハスラインたちにコーネリアスとジーラに対して査問委員会を開くことを指示する。査問委員会の場でコーネリアスとジーラは自分たちが未来の地球から来たこと、人間に対して敵意がないことを伝える。査問委員会の終了後、夫妻はルイスとスティービーに対し未来の地球は戦争によって引き起こされた爆発で炎に飲み込まれて滅び去ったことを告げる。