30年前に未知の「侵略性外来生物」によって世界は一度滅亡の危機に瀕し、現在も人類は安全圏で暮らしながらも死と隣り合わせの日々を送っています。この危機と災害を退けるため、国連調査機関「EXCEEDS(エクスィーズ)」が立ち上げられ、八神はやてを筆頭とした職員たちが現地で活動しています。
主人公の久瀬シイナは、妹のセツナと二人で静かに暮らすことを望む女子高生でありながら、「侵略種」の駆除を担当するハンターでした。しかし、謎の男の襲撃や「魔人」の出現によって平和な日常は一変。シイナは継承した「グレンの力」を覚醒させ、侵略種や魔人を退ける戦いに身を投じていくことになります。