地球人を“収穫”するため襲来した宇宙人との戦いを描いたSFアクション「スカイライン 制服」「スカイライン 奪還」に続くシリーズ3作目。15年前に地球を襲ったエイリアン「ハーベスター(=収穫者)」の目的は、人類を資源として利用することだった。捕らえられた人々は脳を「パイロット」と呼ばれるサイボーグに移植され、奴隷として使われた。ハーベスターの宇宙船が放つ青い光の影響で特殊なDNAを持つことになったローズは、抵抗軍を結成してハーベスターと戦い、彼らを一度は撃退する。しかし、5年後、ハーベスターは反撃の準備を着々と進め、地球に残った30億ものパイロットを再び操ろうとしていた。その計画を阻止するため、ローズは精鋭部隊とともに敵の拠点に向かうが……。
リンゼイ・モーガン、ジョナサン・ハワード、ダニエル・バーンハード、ローナ・ミトラ